В начале показано, что он весьма нервный и дёрганный. Однако это было вызвано смертью его жены и 399 его детей. До их смерти, он был более игривым. Но Марлин готов пройти через свой страх ,чтобы найти своего сына и восстановить с ним отношения. В конце фильма, он становится заботливым отцом, который больше не боится отпускать сына, исследовать океан.
Потеряв в глубинах океана любимую жену, рыба-клоун по имени Марлин в одиночку воспитывает своего сына Немо. Со стороны даже кажется, что он слишком уж сильно его опекает. Когда Немо неожиданно попадается в сети охотников за редкими рыбками, Марлин собирает всё своё мужество в плавник и бросается на поиски единственного сына.
Марлин уже однажды пересек океан, но это отнюдь не означает, что он жаждет проделать это вновь. Поначалу он весьма скептически относится к предложению Дори сплавать до калифорнийского побережья и разыскать её родню. Впрочем, Марлин знает, что такое потерять семью, и не забывает, что именно Дори в свое время помогла ему разыскать Немо. Может быть, с юмором у Марлина не всё ладится, зато с верностью друзьям – всё в порядке. Он понимает, что у него нет другого выбора, кроме как собрать всю свою волю в плавник, отбросить излишний скептицизм и отправиться в новое приключение, на этот раз – помогая своей подруге. Спустя год после невероятного, полного опасностей приключения, Немо стал обычным подростком: он живет на коралловом рифе со своим отцом и ходит в подводную школу. Леденящие кровь испытания, выпавшие на его долю, кажется, нисколько не сломили, а, наоборот, закалили его дух. На самом деле, когда Дори вспоминает часть своего прошлого и решает отправиться через весь океан на поиски своей семьи, именно Немо первым предлагает ей свою помощь. Внешне Немо, конечно, всего лишь маленькая рыба-клоун, но в глубине души он искренне верит Дори и готов на всё, чтобы помочь ей. Да и кому, как не ему, знать, что значит быть непохожим на других.